南京市聋人学校前身系南京市盲哑学校，创立于1927年10月3日，校址设在南京城南船板巷，设盲、哑两科。

1937年学校西迁。
1938年8月在重庆江北县刘家台复课，后因日军轰炸乃迁江津。
1942年1月改隶教育部，称教育部特设盲哑学校。

抗战胜利后，1946年7月，校迁回南京，校址勘定剪子巷17号。
1942年7月，教育部将学校交还南京市，校名恢复为南京市立盲哑
学校。

1949年，南京解放，学校由人民政府接管，规模不断壮大，扩建四十九号为哑科。
1980年8月，在南京市御道街32号新建校舍。

1981年8月，南京市盲哑学校分为南京市聋哑学校和南京市盲童学校，南京市聋哑学校迁入新址。
1992年9月，开设聋人普通高中班。

1995年6月，增挂“南京市聋人高级中学”校牌。
2000年11月，学校更名为南京市聋人学校